Les poissons:
Dans les lacs pyrénéens on trouve 5 salmonidés qui ont, pour la plupart des lacs, étaient introduits plus ou moins récemment. Ainsi on distingue : la truite fario, la truite arc-en-ciel, le saumon de fontaine, l'omble chevalier et le cristivomer. Dans les rivières on trouve essentiellement des truites farios de souche pyrénénne, même si les "sauvages" se font de plus en plus rares.
Les saumons de fontaine sont généralement introduits dans les lacs de très haute altitude, en effet ils ont des capacités d'adaptation assez fortes et résistent mieux que les truites à un environnement très austère.
Les cristivomers sont quant à eux introduits dans des lacs de grande taille et surtout très profond, puisque ce sont des poissons vivant dans l'obscurité.
Les ombles chevaliers sont beaucoup plus rares, car moins alevinés, ils sont très proche des couleurs de la truite mais avec un aspect bleuté.
Les truites arc-en-ciel se trouvent généralement dans des lacs de faible altitude ( inférieur à 2000m) et ayant une superficie assez importante.
Les truites sont quasiment omniprésentes, mais leur reproduction dans la majorités des lacs n'est pas bonne, ce qui justifie les alevinages réguliers des fédérations de pêche.

Les reptiles:
On trouve le plus fréquemment sur les chemins de randonnées des lézards et serpents. Il existe un grand nombre d'espèces de lézards dans les pyrénées, certains bénéficient même de zones Natura 2000 pour les protéger. Pour ce qui est des serpents, en montagne vous pourrez croiser le chemin des vipères aspic (attention morsure mortelle ) et parfois de couleuvres même si elles sont présentes générallement que dans les piémonts.

Les amphibiens:
On trouve un grand nombre d'espèces de grenouilles, surtout à proximité des lacs grâce à la présence fréquente de petits marécages favorables à leur implantation. Dans les zones très humides on trouve aussi des salamandres, plutôt dans les zones boisées, ou à proximité de bois. Attention, les salamandres dégagent un mucus venimeux sur leur corps, donc n'essayez pas de les attraper sinon vous aurez certainement de fortes démangeaisons.